Skálholt var miðja kirkjulegs- og veraldlegs valds um aldir auk þess að vera mennta- og meinnigarsetur. Fyrsti biskup landsins, Ísleifur Gissurarson, settist þar á stól árið 1056 og honum fylgdu 30 katólskir og 12 lúterskir biskupar þar til landið var sameinað undir einn biskup í Reykjavík 1801. Hólastóll var stofnaður árið 1106.

Prentun bóka var stunduð um skeið á síðari hluta 17. aldar og þar var fyrsta bókin prentuð á íslenzku. Nokkrir kirkjugripir hafa varðveitzt úr fyrri kirkjum á staðnum og flesta þeirra er að finna í Þjóðminjasafni. Aðrar sögulegar minjar eru m.a. virki, sem var reist staðnum til varnar árið 1548, minnismerki stendur þar sem Jón Arason og synir hans tveir voru hálshöggnir 7. nóv. 1550, skólavarðan, sem skólapiltar hlóðu stendur endurhlaðin á sama stað og hluti jarðganga milli kirkju, skóla og bæjar stendur enn þá endurnýjaður.

Ýmiss örnefni á staðnum eru tengd sögulegum atburðum. Kirkjur hafa staðið í Skálholti frá upphafi biskupsstóls, 11 talsins með núverandi kirkju. Hinar fyrri voru byggðar af stórhug og ekkert til sparað og voru a.m.k. tvær þeirra mun stærri en sú, sem stendur nú (hornsteinn 1956; vígð 1963). Tvær kirknanna brunnu og tvær feyktust burtu í illviðrum. Við uppgröft grunns núverandi kirkju fannst steinkista Páls biskups Jónssonar, sem dó 1211.

Skálholt hefur verið skólasetur frá upphafi og þar var rekinn lýðhálskóli til skamms tíma en nú er þar ýmiss konar fullorðinsfræðsla. Skólinn er notaður sem hótel á sumrin. Tónleikahald hefur verið tíðkað í kirkjunni um helgar á sumrin. Listakonurnar Gerður Helgadóttir og Nína Tryggvadóttir skildu eftir sig ómetanleg listaverk í kirkjunni, steinda glugga og altaristöfluna (ítalskt mósaík).

Samkvæmt fimm ára áætlun um fornleifarannsóknir, sem var kynnt í apríl 2002, er ætlunin að grafa á 7000 m² svæði til ársins 2007

Núverandi kirkja.   Þegar líða tók að þúsund ára afmæli biskupsstóls á Íslandi jókst áhugi ýmsra fyrir endurreisn Skálholts í einhverri mynd. Húsameistara ríkisins, Herði Bjarnasyni, er þá falið að teikna nýja Skálholtskirkju á grunni þeirrar, ,,er að réttu kallast andleg móðir allra annarra vígðra húsa á Íslandi." (Hungurvaka).

Á Skálholtshátíð 1956 er lagður hornsteinn hinnar nýju kirkju en sjálf var kirkjan vígð 1963 af biskupi landsins, dr. Sigurbirni Einarssyni.  Á vígsludegi þann 21. júlí afhenti ráðherra kirkjumála, dr. Bjarni Benediktsson þjóðkirkjunni Skálholt til varðveizlu og eflingar kristni í landinu.

Kirkjan fékk margar verðmætar gjafir frá Norðurlöndum.  Gluggarnir eru dönsk gjöf en Gerður Helgadóttir gerði uppdrætti að þeim.  Einnig gáfu Danir orgelið, ljósatækin, stólana, eina kirkjuklukku og kostuðu að miklu leyti altaristöfluna, sem Nína Tryggvadóttir gerði úr mósaík.  Norðmenn gáfu byggingarefni, m.a. flísar á þak og gólf og hurðir auk kirkjuklukku.  Svíar gáfu tvær kirkjuklukkur og Finnar eina.  Í kirkjunni eru nú 8 klukkur, fimm þeirra gjafir frá Norðurlöndum.

Færeyingar gáfu fagran skírnarsá, sem færeyskur listamaður gerði úr graníti.  Ludvig Storr gaf sjálfvirk hringingartæki og stóð að söfnun meðal danskra kaupmanna fyrir gluggum kirkjunnar.

Gluggarnir eru verk Gerðar Helgadóttur. Litskrúð þeirra og ljósbrot er ímynd hjálpræðissögunnar. Þeir fjalla um dýrðarmenn fortíðar, brauð lífsins, bikar hjálpræðisins, og innst í kórnum segir frá fortjaldi musterisins, sem rifnaði sundur í tvennt, frá upprisu og nýrri sköpun.

Inni í kirkjunni eru svo gripir, sem ekki geta talist fornir, þótt Íslendingar meti þá mikils. Þar eru altari, stjakar og predikunarstóll úr síðustu dómkirkjunni, altari Brynjólfs biskups Sveinssonar og predikunarstóll meistara Jóns Vídalíns.

Steinkista Páls biskups er að sjáfsögðu merkust þeirra fornminja á staðnum, sem eru ofar moldu. En á meðal þeirra átta klukkna, sem hanga í kirkjuturninum, er miðaldaklukka, smá með fögrum og tærum hljómi. Hún á sér nokkra hrakningssögu, en líkur eru til, að hún hafi verið kirkjuklukka í Skálholti fyrr á öldum. 

Í kirkjukjallaranum gefur að líta steinkistu Páls biskups og tvo íslenska legsteina, úr móbergi og basalti, auk erlendra steina yfir 5 biskupa og 1 ráðsmanns. Ásamt loftþiljum og skápi úr búi Valgerðar Jónsdóttur sem varð ung ekkja eftir Hannes Finnsson

Um 1700 komst sá siður á að biskupar  eða ekkjur þeirra létu gera viðhafnarmikla steina og flytja hingað með ærinni fyrirhöfn.  Þessir steinar eru frá 100 ára tímabili og líklega erlendir.  Þórður, sem á elsta steininn lést 1697 og Hannes, sem á yngsta steininn lést 1796.

Í turni Skálholtskirkju er geymt merkilegt og gott safn elzta prents á Íslandi.  Í safninu er að finna eintök flestra þeirra bóka sem prentaðar voru á Íslandi frá lokum 16. aldar til upphafs hinnar 19.

Safnið er að stofni til safn Þorsteins Þorsteinssonar sýslumanns Dalamanna.  Kári Helgason keypti safnið, jók það nokkuð og endurbætti.  Sigurbjörn Einarsson biskup beitti sér fyrir því að Þjóðkirkjan keypti safnið af Kára 1965 eftir almenna fjársöfnun meðal þjóðarinar og var því þá fundinn staður til bráðabirgða í turni kirkjunnar þar sem það er enn varðveitt í eldtraustum hirzlum.  Í safninu er að finna eintök flestra þeirra bóka sem prentaðar voru á Íslandi frá lokum 16. aldar til upphafs hinnar 19.

Prentsmiðjan, sem Jón biskup Arason flutti til Íslands og fyrst var á Breiðabólstaði í Vestur-Hópi, var flutt að Hólum og var eina prentverk Íslands í tvær aldir.  Hólaprent sá um allt prent fyrir kirkjuna á þessum tíma, Biblíur, sálmabækur, messubækur, predikunarsöfn, bænabækur og aðrar guðsorðabækur.  Elztu bækurnar í turninum eru Biblían 1584, Sálmabókin 1589 og Grallarinn 1594. Í turninum er t.d. Biblían árituð af Guðbrandi biskupi Þorlákssyni til Halldóru dóttur sinnar.